Způsob výpočtu základu daně a použití odpovídající sazby DPH vychází ze zákona o DPH.
Podstatným principem zúčtování záloh je, že základ daně vyúčtování se zjišťuje jako rozdíl mezi základem daně celého plnění a souhrnem základů daně zaplacených záloh. Tedy zásadně v cenách bez DPH.
Až teprve po vyčíslení základu daně vyúčtování (přeplatku nebo nedoplatku) se určí sazba daně, která se na něj uplatní.
Nedoplatek: uplatní se sazba daně platná ke dni UZP.
Přeplatek: vracejí se zálohy od poslední zaplacené s tou sazbou daně, která na ně byla uplatněna.
Viz metodiku: Metodický výklad Zákona o DPH a jeho použití k výpočtu a zdanění vyúčtování